پس از کشته شدن جنرال عبدالله نظراف رئیس اداره امنیت ولایت مختار بدخشان،  ترور رئيس کميته امنيت ولایت مختار بدخشان سبب شد تا دولت اقدام به اعزام نيروهايي از واحدهاي گارد رياست جمهوري، واکنش سريع، کميته امنيت ملي و وزارت کشور به منطقه کند. اعضای گروه ` طالب ایام بیک اف` متهم به این قتل شده اند با نیروهای دولتی  درگیر شده و تعدادی نیز کشته شدند.  بنا به گفته مقامات ولایت مختار بدخشان 40 تن در این درگیری ها کشته شده اند در حالیکه مخالفین تعداد کشته ها را 200 تن اعلام کرده و آن را نسل کشی می نامند.  مقامات دولتی با اعلام آتش بس و چند بار تمدید آن خواهان تسليم شورشيان به نيروهاي دولتي و تحويل سلاح هايشان هستند. ولی ايام بيک اف رهبر گروه مخالف مسلح با صدور بيانيه اي تاکيد کرده او و گروهش تنها در حضور گروه هاي بي طرف بخصوص نيروهاي سازمان پيمان امنيت دسته جمعي براي حل مشکلات موجود مذاکره خواهند کرد.

برخي ناظران معتقدند ريشه حوادث بدخشان را بايد در مسائل اقتصادي جستجو کرد زیرا 74 فی صد بودجه این ولایت از طرف دولت تامین می شود که صرف هزينه‌هاي ايجاد زير ساخت‌هاي اقتصادي، اشتغال‌، خدمات بهداشتي و آموزشي گردد. ولی تا وقتی که امنیت برقرار نباشد، مشکلات همچنان ادامه خواهد داشت. البته يکي از دلايلي که تا کنون مانع از ايجاد اين زير ساختها شده، موقعيت کوهستاني ولایت بدخشان است که خود به تداوم فقر به شديدترين شکل خود در اين منطقه‌ي کوهستاني با جمعيت بيش از دويست هزار نفري آن کمک کرده است. وضعيتي که سبب ترغيب ساکنان منطقه به فعاليت در بخش قاچاق اعم از قاچاق مواد مخدر، اسلحه و کالا شود. چيزي که شايد بزرگترين اتهام دولت به گروه طالب ايام بيک اف باشد. همجواري اين منطقه با افغانستان نيز به سهولت در انجام انواع قاچاق در بدخشان تاجيکستان کمک کرده است.


گفته مي شود براي حل بحران بدخشان قرار است ` آقاخان چهارم` رهبر اسماعيليان جهان ‌با امامعلي رحمان رئيس جمهوري تاجيکستان در شهر دوشنبه درباره حل بحران به گفت و گو نشینند که ما از نتایج آن بیخیریم.